Web of Science zawiera następujące kolekcje:

WoS Core Collection - opisy bibliograficzne wiodącej literatury naukowej na świecie
Currents Contents Connect - dane bibliograficzne i spisy treści wiodących czasopism i książek naukowych
WoS KCI – Korean Journal Database - opisy bibliograficzne literatury naukowej opublikowanej w Korei
MEDLINE – medycyna
Zoological Records – zoologia

oraz indeksy:
BIOSIS Citation Index - opisy bibliograficzne - nauki o życiu, badania biomedyczne, badania na zwierzętach
Data Citation Index - opisy bibliograficzne - nauki społeczne, ścisłe, przyrodnicze i humanistyczne
Derwent Innovations Index – informacje o patentach
Grants Index – informacje o grantach od wiodących rządowych i prywatnych agencji finansujących z całego świata
Preprint Citation Index –preprinty z repozytoriów preprintów z nauk ścisłych, nauk społecznych oraz sztuki i nauk humanistycznych
Russian Science Citation Index - baza bibliograficzna rosyjskiej literatury naukowej (technologie, medycyna, edukacja)
SciELO Citation Index - literatura naukowa z czasopism open access z Ameryki Łacińskiej, Portugalii, Hiszpanii, RPA