Web of Science zawiera następujące kolekcje:
Indeksy cytowań podzielone są na dwa pakiety: Web of Science Core Collection oraz Web of Science Citation Connection.

Web of Science Core Collection
• Science Citation Index Expanded (SCIE) od 1945
• Social Sciences Citation Index (SSCI) od 1956
• Art and Humanities Citation Index (AHCI) od 1975
• Conference Proceedings Citation Index (CPCI, w tym Science oraz Social Science & Humanities) od 1990
• Book Citation Index (BKCI, w tym Science oraz Social Science & Humanities) od 2010
• Emerging Sources Citation Index (ESCI) od 2005
• Current Chemical Reactions (CCR) od 2010
• Index Chemicus (IC) od 2010

WoS Citation Connection:
• Biosis Citation Index od 2010
• Data Citation Index (DCI) od 2010
• Dervent Innovation Index (DII) od 2010
• Current Contents Connect od 2010
• Zoological Records od 1864

Ponadto jako bezpłatny dodatek do licencji krajowej dostępne są jeszcze:
• Preprint Citation Index od 1991
• ProQuest Dissertation & These Citation Index
• SciELO Citation Index od 2002
• Korean Citation Index od 1980
• Grant Index od 1953
• Medline od 1950